Wpłaty opłaty skarbowej należy dokonać na konto urzędu miasta/gminy/dzielnicy, na terenie którego mieści się siedziba wskazanego w formularzu urzędu skarbowego.  Dokonujący zgłoszenia zobowiązany jest dołączyć dowód zapłaty należnej opłaty skarbowej, nie później niż w ciągu 3 dni od chwili powstania obowiązku jej zapłaty. W formularzu VAT-R wskazuje się naczelnika, do którego kierowane jest zgłoszenie - właściwego ze względu na miejsce wykonywania działalności. Jeżeli czynności opodatkowane VAT wykonywane są na terenie objętym zakresem działalności dwóch lub więcej urzędów skarbowych, to formularz VAT-R należy złożyć do urzędu właściwego ze względu na miejsce zamieszkania.

Obowiązek złożenia wypełnionego formularza rejestracyjnego ciąży nie tylko na podatnikach rozpoczynających dokonywanie czynności podlegających opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Należy pamiętać, że także w sytuacji, gdy dane zawarte w złożonej wcześniej deklaracji uległy jakiejkolwiek modyfikacji, podatnik musi dokonać ich aktualizacji - w myśl przepisów zawartych w ustawie o podatku od towarów i usług, podatnik ma obowiązek zawiadomienia urzędu skarbowego o tych zmianach w ciągu 7 dni. W przypadku niedopełnienia tej powinności, naczelnik urzędu skarbowego może wykreślić z urzędu podatnika z rejestru. Dzieje się tak, jeżeli w wyniku podjętych czynności sprawdzających okaże się, że podatnik nie istnieje lub mimo podjętych udokumentowanych prób brak jest możliwości kontaktu z podatnikiem lub jego pełnomocnikiem.